กรมทรัพยากรน้ำบาดาล จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545 จากการรวมหน่วยงานที่มีภารกิจด้านน้ำบาดาล ได้แก่ กรมทรัพยากรธรณี กรมโยธาธิการ กรมอนามัย สำนักงานเร่งรัดพัฒนาชนบท ซึ่งหน่วยงานดังกล่าว ได้ทำการเจาะบ่อน้ำบาดาล เพื่อเป็นแหล่งน้ำสะอาดให้กับประชาชนใช้อุปโภคบริโภคมาแล้วกว่า 40 ปี ซึ่งพบว่ามีบ่อน้ำบาดาลที่ไม่ได้ใช้งาน ชำรุด หมดอายุ เสื่อมสภาพ หรือ ถูกทิ้งร้าง ไม่มีการดูแลรักษา และมีแหล่งน้ำอื่นใช้ทดแทนแล้วอยู่ไม่น้อย หากปล่อยทิ้งไว้ไม่ทำการป้องกันการปนเปื้อนอย่างถูกวิธี อาจก่อให้เกิดการปนเปื้อนต่อชั้นน้ำบาดาลได้ โดยเฉพาะในพื้นที่ที่มีชั้นน้ำเค็มสลับกับชั้นน้ำจืด ซึ่งน้ำเค็มดังกล่าวสามารถกัดกร่อนผนังบ่อน้ำบาดาลให้ทะลุ รั่วได้ ทำให้น้ำเค็มแทรกซึมเข้าสู่ชั้นน้ำจืดในระดับชั้นที่ประชาชนใช้อยู่โดยทั่วไป ผลคือทำให้แหล่งทรัพยากรน้ำบาดาลมีคุณภาพน้ำเปลี่ยนแปลงด้อยคุณภาพลงและเสื่อมสภาพกลายเป็นชั้นน้ำเค็มหรือน้ำเสียในที่สุด ดังนั้นกรมทรัพยากรน้ำบาดาล ในฐานะหน่วยงานที่ดูแลด้านน้ำบาดาลโดยตรง จึงเล็งเห็นความสำคัญในการป้องกันการปนเปื้อนของชั้นน้ำบาดาล และได้ดำเนินป้องกันการปนเปื้อนของชั้นบาดาลโดยวิธีการอุดกลบบบ่อน้ำบาดาล มาตั้งแต่ปี พ.ศ.2547 จนถึง ปี พ.ศ. 2563 แล้วจำนวน 76,771 บ่อ และยังมีบ่อบาดาลอีกมากที่ต้องดำเนินการสำรวจความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนของชั้นบาดาล เพื่อดำเนินการปนเปื้อนอย่างถูกวิธีต่อไป เป็นการอนุรักษ์แหล่งทรัพยากรน้ำบาดาลให้คงไว้ และคืนสู่ทรัพยากรธรรมชาติและเป็นประโยชน์ให้แก่ประชาชนต่อไป